Alla chiesa si accede dalle tre porte corrispondenti alle navate interne che scandiscono l’impianto basilicale dell’organismo architettonico. Il portale principale è composto dalle monumentali porte bronzee, scolpite nel 1986 da Ludovico Graziani, artista crotonese. La lettura degli eventi rappresentati introduce alla storia della Chiesa e della città. In particolare sull’anta sinistra del portale sono raffigurati l’invasione dei Turchi, il tentativo di rubare il quadro della Vergine di Capo Colonna e San Dionigi l’Aeropagita.
Entrando dalla piccola porta destra ci si trova nella prima navata. Più bassa rispetto a quella mediana, è definita da una successione ritmata di spazi, con degli archi morti che incorniciano tre altari a parete. Il primo altare che s’incontra è quello dedicato all’Immacolata, della famiglia Suriano, con un dipinto olio su tela firmato e datato in basso a sinistra (Antonio Timpanell(a) F(ecit) 1740, rappresentante la Vergine e i Santi Bruno di Colonia, a sinistra, e Antonio di Padova.
Il secondo altare è quello dedicato a San Giuseppe, con statua di fattura recente. Il terzo è quello dedicato a San Francesco di Paola, con statua anche questa di fattura recente.
Proseguendo in avanti, nel braccio destro del transetto si apre la Cappella dell’Epifania, sopraelevata rispetto alla navata e sormontata da una cupola. Il patronato dei Berlingieri, famiglia notabile della città, è segnalato dalla presenza degli stemmi posti al di sopra dell’altare, sulla base delle due colonne laterali e nella parte sinistra della pavimentazione. Sull’altare, una tela ad olio rappresenta l’Adorazione dei Magi. Recentemente collocato, inoltre, un pregevole fonte battesimale cinquecentesco in pietra rosa, con vasca monolitica ornata da volti umani negli angoli e da leoni alla base del piede.
Proseguendo sempre sulla destra s’incontra la Cantoria, voluta dal vescovo Giuseppe Capocchiani nel 1700, il cui stemma campeggia al centro del palco che ospita l’organo a canne. In fondo alla navata destra si trova la Cappella della Beata Vergine di Capo Colonna. L’aspetto odierno della cappella, inaugurata nel 1911, è il risultato della ristrutturazione progettata dall’architetto napoletano Pietro Paolo Farinelli. L’apparato decorativo è costituito da una bilanciata fusione di marmi, affreschi, stucchi e oro.
Gli affreschi sono tutti opera del pittore e decoratore Vincenzo Severino. Superata la balaustra d’ottone in stile liberty, che reca sui pilastri del cancello lo stemma dei Berlingieri a significare il loro coinvolgimento nei lavori di ristrutturazione, si può ammirare la cappella in tutto il suo splendore.
Nella volta della cappella è raffigurata l’Incoronazione della Vergine, mentre sulla sommità della cupola, sorretta dai pennacchi con le figure bibliche di Gioele, Ruth, Giuditta e Debora, campeggia la colomba dello Spirito Santo.
Nella lunetta della facciata interna domina al centro la figura di San Dionigi che regge nella mano destra la città di Crotone e nella sinistra il bacolo pastorale. Sulle pareti della prima campata, sopra gli stalli lignei, si trova sulla destra la tela del De Falco, datata 1904, raffigurante il fallito assedio dei Turchi alla città di Crotone nel 1638, messi in fuga dalla luminosa apparizione della Sacra Immagine della Madonna di Capo Colonna, portata in processione lungo le mura della città. Sulla parete opposta si trova la tela del Boschetto, datata sempre 1904, che ricorda il miracoloso evento del 1519, quando invano i Turchi tentarono di bruciare la Sacra Immagine della Vergine custodita nella chiesetta di Capo Colonna, situata sul promontorio di Hera Lacinia, a pochi chilometri da Crotone. Nella parte più profonda della cappella, sulle pareti destra e sinistra, sfilano Angeli Musicanti, dipinti sempre dal Severino.
Passando all’altare, una epigrafe murata sulla facciata posteriore ne ricorda la consacrazione ad opera del vescovo Emanuele Merra nel 1901. Anch’esso reca ai due lati lo stemma dei Berlingieri, fuso in bronzo. In bronzo anche le spighe e i grappoli d’uva che ornano il paliotto, con croce centrale. Sopra la mensa, si aprono le dodici nicchie per le immagini in argento degli Apostoli, sostituite dopo il furto del 1983.
Alle spalle dell’altare, inquadrato nell’arco a tutto sesto, al centro della parete si trova l’immagine della Madonna di Capo Colonna. È una tempera su tavola della seconda metà del Quattrocento, opera di un pittore ignoto della scuola napoletana. In seguito l’immagine è stata traslata su tela per salvarla dalla rovina del supporto in legno. Il quadro è inserito tra due colonne di marmo nero a fusto liscio coronate da capitelli in marmo bianco con stemma prelatizio che reggono una trabeazione nel cui fregio è scritto Altare Privilegiato.
Per volere di Papa Gregorio XIII, ogni messa celebrata in questa cappella a partire dal 1579 ha il potere di avere l’indulgenza plenaria. Entro una cornice in stucco rettangolare, Severino ha dipinto il ritratto di Dio Padre. Sullo sfondo, nell’arco si legge AVE MARIA GRATIA PLENA. Lateralmente alla Cappella della Madonna di Capo Colonna, sopraelevato di tre gradini rispetto al resto della chiesa, il presbiterio, ossia l’area riservata al clero, è preceduto da un arco a tutto sesto su cui campeggia lo stemma di Mons. Lembo, vescovo di Crotone dal 1860 al 1883. Le recenti trasformazioni di quest’area sono state disposte dal vescovo Mons. Agostino per renderlo aderente alle norme liturgiche dettate dal Concilio Vaticano II. In particolare sono stati demoliti i due altari seicenteschi e inserito un crocifisso in ceramica dello scultore romano Giovanni Ranocchi.
Oggi è visibile anche il bellissimo coro ligneo fatto realizzare nella seconda metà del Seicento dal vescovo Carafa , i cui stemmi si ripetono su tutti i lati. Sulle pareti sopra il coro ligneo sono appese a destra, la tela di Nicola La Piccola raffigurante Gesù di ritorno dalla visita ai Dottori, commissionata come si legge in basso dal mercante di grano Benedetto Milioti nel 1767, e a sinistra, il Martirio di S. Dionigi, attribuito al pittore Corrado Giaquinto e datato probabilmente verso il 1759.
Sul pilastro della prima campata sinistra è posto il pulpito, marmoreo del 1893, commissionato da Giuseppe Cavaliere all’Arch. Farinelli, autore anche del rinnovamento della cappella della Madonna di Capo Colonna. Scendendo verso la porta d’ingresso, si susseguono le quattro arcate a tutto sesto sostenute da pilastri che scandiscono il ritmo di questa navata, così come volle Pietro Raimondi nell’immediato secondo dopoguerra. I pilastri sono articolati da paraste rivestite di marmi policromi, ad eccezione dei capitelli ionici in stucco e oro. Anche con marmo è stata realizzata l’intera pavimentazione.
Proseguendo lungo la navata centrale, in fondo sulla destra, si trova la terza navata. La prima porta che s’incontra è quella della Sacrestia. Nel salone d’ingresso sono presenti i pregevoli armadi in legno, sovrastati dalle riproduzioni degli stemmi di tutti i vescovi crotonesi, le teche contenenti reliquie di santi. Ancora avanti sulla sinistra, si trova la Cappella del Crocifisso, dominata da una scultura lignea, molto venerata fin dal Seicento perché creduta miracolosa. Alle spalle del Crocifisso, un dipinto su tavola raffigurante Cristo in Croce con ai piedi l’Addolorata e San Giovanni Evangelista. La tavola è datata 1757 e si legge anche il committente, Benedetto Milioti. L’altare sottostante è di fine Ottocento. Nella parete destra della cappella si trovano dal 2005 i resti di Mons. Lembo, a nella parete di sinistra si apre una nicchia in cui è esposto un dipinto raffigurante l’Addolorata, aproveniente dalla chiesa dei SS. Pietro e Paolo, attribuibile probabilmente a Domenico Basile, pittore settecentesco.
Proseguendo s’incontra la Cappella di San Dionigi al centro della quale, collocata in una nicchia rivestita d’argento sopra l’altare, si trova la statua in legno dipinta di San Dionigi, raffigurato nell’usuale iconografia che lo vuole con la mano che sorregge il capo reciso. La scultura è datata dalla critica a fine Seicento/inizio Settecento, recentemente attribuita da GianFrancesco Solferino allo scultore salernitano, Nicola Fumo. L’altare sottostante presenta un paliotto della metà dell’Ottocento, con un tondo marmoreo con all’interno la raffigurazione della Madonna di Capo Colonna. Sulle pareti laterali sono stati collocati, nel dopoguerra, due dipinti di Attilio Cortese, raffiguranti la conversione di San Dionigi l’Areopagita e il suo arrivo a Crotone. In fondo alla navata, in opposta corrispondenza della cappella della Vergine di Capo Colonna, si trova la cappella del SS. Sacramento, consacrata nel 1715 da Mons. Guardia, vescovo di Crotone dal 1715 al 1718.
