Al piano terreno, il visitatore è guidato, secondo un criterio cronologico, alla scoperta delle principali tappe storiche dell’antica città greca di Kroton, a partire dai rapporti che essa ebbe con le comunità indigene preesistenti fino alla tarda antichità. Il luogo della colonia, fondata da Greci provenienti dall’Achaia (regione a nord del Peloponneso), secondo le fonti letterarie antiche fu indicato a Miscello dalla Pizia in persona, la sacerdotessa del santuario di Apollo a Delfi. Del resto, il legame di Kroton con Delfi è confermato dalla presenza del principale attributo di quella sacerdotessa, il tripode apollineo, proprio sulle monete di Crotone.

Ma è soprattutto l’evidenza materiale a dimostrare quanto le informazioni letterarie siano affidabili riguardo la presenza ellenica in questa parte della Calabria a partire dall’ultimo quarto dell’VIII secolo a.C. Dopo un periodo particolarmente florido tra VII e VI secolo a.C., la città ebbe un nuovo impulso a partire dalla seconda metà del VI secolo a.C., quando l’arrivo dall’isola greca di Samo del filosofo Pitagora, con la fondazione della sua scuola e con l’apporto dei suoi insegnamenti, avrebbe sconvolto a tutti i livelli la società crotoniate ed i cui esiti avrebbero trasformato in modo permanente la storia della stessa Magna Grecia. Una ulteriore sezione del piano terra è poi dedicata ad un approfondimento sull’archeologia urbana, attività essenziale svolta sul territorio dalla Soprintendenza che, a partire dagli anni Settanta del Novecento, ha potuto così costruire un quadro sempre più affidabile e dettagliato dell’antica topografia della polis. A questa si accompagna una sezione dedicata alla necropoli in località Carrara, dove vengono illustrati alcuni tra i numerosi corredi di questo sepolcreto rimasto in uso tra la fine dell’VIII e la metà del IV secolo a.C.

Il secondo piano offre, invece, una panoramica sui santuari individuati a Crotone. Tra i principali, quello in località Vigna Nuova, certamente destinato al culto di Hera nella sua qualità di dea liberatrice, data la presenza di un gran numero di ceppi di catene in bronzo dedicate alla divinità come ex voto da schiavi liberati. Sempre la dea Hera, stavolta venerata come Lacinia, è protagonista nel settore dedicato al santuario presso Capo Colonna con i suoi importantissimi reperti rinvenuti all’interno di un piccolo edificio probabilmente destinato a funzione di thesauròs (edificio per la custodia di ex voto preziosi). Fra gli altri spiccano per bellezza il Diadema Aureo ed un’affascinante quanto misteriosa barchetta nuragica realizzata in bronzo.

Il secondo piano è pure dedicato ad illustrare alcuni degli insediamenti noti nel territorio (Krimissa, Petelia, Makalla) che contribuirono a legare l’antica città greca a tradizioni mitiche e culti locali o influenzati da contatti con le ideologie elleniche (Sirene, Filottete, Apollo Alaios): in primo luogo quelle dottrine pitagoriche, di cui l’archeologia col tempo sta contribuendo a fornire delle, seppur labili ma concrete, evidenze.

Direttore Gregorio Aversa

L'epoca greca è documentata con molti reperti. Dell'epoca arcaica sono i vasi unguentari corinzi e vari frammenti ceramici: di vasi attici a figure nere, di unvaso calcidese, ecc. Altre ceramiche provengono da vari centri della Lucania, dall'Apulia e dall'Etruria. Da Crotone provengono vari materiali preistorici e protostorici, un'antefissa arcaica con testa di Gorgone, una testa fittile di giovinetto, un piccolo altare con Ercole in lotta con i Centauri, vari rilievi votivi, della ceramica a figure rosse, un oscillum e dei bronzetti di Ercole in assalto con indosso la leontè.  Un cippo confinario con la numerazione "29" è scritto in greco, mentre due puntali di lancia in bronzo, probabili trofei, recano le iscrizioni "Anthropos figlio di Teognide" e "Eschilo figlio di Echesteneto".

Dall'area urbana di Crotone proviene un rilievo a carattere votivo, scolpito su una lastra in marmo di Nasso, raffigurante, probabilmente, la dea Hera a colloquio con un'altra figura femminile, una divinità minore o forse la personificazione della città stessa. Essa è databile al 450-420 a.C. Tuttavia alcune ricerche hanno messo in dubbio l'ipotesi di rilievo votivo che, secondo Elena Lattanzi, non ha riscontro nel mondo greco antico. Sempre ad età classica è attribuibile un acrolito marmoreo (mutilo al volto) nel quale si riconosce la dea Atena, rinvenuto nel corso di scavi della metà degli anni '70 del XX secolo nella città moderna.

Un'intera sezione è dedicata ai reperti dal santuario di Hera al Capo Colonna: tra gli oggetti esposti numerosi oggetti votivi, frammenti di decorazioni architettoniche in marmo e terracotta e frammenti di sculture. Spicca il frammento di una coppa a figure nere sovradipinte (VI sec. a.C.), con due personaggi barbati, armati di lancia, con copricapo a turbante, affrontati ai lati di un tripode monumentale (da Capo Colonna, scarpata ad est del Tempio A).

Dall'area delle cosiddette Quote Cimino, sul promontorio di Capo Colonna, proviene una bella testa in marmo pentelico (mutila al volto), nella quale ben si riconosce Apollo citaredo, databile al 350-300 a.C. Il reperto, di notevole interesse, fu rinvenuto - negli anni '70 del XX sec. - dal Gruppo Archeologico Krotoniate. Vi è esposto anche il "tesoro di Hera", rinvenuto nell'edificio B dell'Heraion e comprendente, tra l'altro, un diadema aureo, un pendaglio da cinturone di produzione indigena ed una lampada di produzione nuragica in forma di navicella, purtroppo lacunosa. Dal novembre 2009 ospita lo straordinario askos bronzeo a forma di Sirena (V sec. a.C.), proveniente dalle Murgie di Strongoli, restituito dal Getty Museum di Malibu (USA), e l'altro askos bronzeo del VI sec. a.C., sempre a forma di Sirena, proveniente dalla chora meridionale di Kroton. A livello mondiale ne sono conosciuti solo tre esemplari: di questi ben due, quindi, sono conservati a Crotone.

Tra i reperti di epoca romana sono due grandi vasche marmoree, dal carico di marmi naufragato a Punta Scifo (cosiddetto relitto Paolo Orsi, scoperto dal crotonese Antonio Tricoli), e una base di statua onoraria, con epigrafe, rinvenuta durante la costruzione della chiesa di San Giuseppe, in pieno centro storico. Altre due basi marmoree, con epigrafi pubblicate nel C.I.L., rinvenute nel centro storico di Crotone nei pressi del Castello, sono state portate nel Museo provinciale di Catanzaro, dove sono esposte. Nel museo è custodita, dal 2012, la piccola, ma di straordinario interesse, stele egizia di Horus sui coccodrilli rinvenuta a Crotone e restituita, dopo 35 anni, dal Museo civico di Milano che l'aveva acquistata sul mercato antiquario.

Altre sezioni documentano gli altri santuari della zona: quello detto di Sant'Anna in loc. Manche della Vozza (Cutro), posto alle sorgenti del fiume Esaro, quello di Apollo Aleo a Krimisa (Punta Alice a Cirò Marina), il tempio dorico di Caulonia e un'area di culto a Punta Stilo. Reperti di età medioevale, provenienti dal territorio comunale, sono esposti nei locali della caserma Sottocampana (ex Regio Museo Civico di Crotone), nel castello di Carlo V, anch'esso di proprietà dello Stato ed in consegna alla Soprintendenza per i Beni Archeologici della Calabria.